论文中的引用是要被算入重复率的。

论文重合度是学术论文在内容上的相似或重合程度，通常用来检测论文是否抄袭，一般高校将重合度30%以上定为抄袭的文章，即论文审核不通过。

首先，引用算不算抄袭，与标注出处没有任何关系。所有这些都靠系统的阀值来决定。该套检测系统的灵敏度设置了一个阀值，该阀值为3%，以段落（或章节）的字数来计算，单篇文献低于3%的抄袭或引用是检测不出来的。